Site IFP Energies nouvelles

Contexte
Dans le cadre initial de l’optimisation des processus de fabrication de biocarburants de seconde génération par approches biotechnologiques, IFP energies nouvelles (IFPEN) développe depuis 2015 des outils bioinformatiques pour le traitement et l’analyse de données multi-omiques. Les premiers travaux collaboratifs ont permis de développer la suite logicielle BRANE (Biologically-Related Apriori Network Enhancement), pour l’heure essentiellement axée sur l’analyse de données transcriptomiques au travers de réseaux de régulation de gènes. Deux approches principales d’inférence de réseaux de régulation de gènes sont disponibles : BRANE Cut et BRANE Clust. Ces deux méthodes reposent sur des méthodes d’optimisation de graphes construites en intégrant des a priori
biologiques afin d’améliorer l’interprétabilité des réseaux obtenus. La formulation et la résolution de ces problèmes d’optimisation sont basées sur une adaptation originale de méthodes de segmentation issues du traitement d’image. Afin de rendre utilisables ces nouveaux outils par tous, nous souhaitons mettre en oeuvre une application web conviviale intégrant ces deux premières méthodes, et préparant celles à venir, en plus d’une brique de visualisation avancée des résultats. L’utilisation de l’outil xDash
développé à IFPEN pour l’intégration dashboard-webservice pourra alors être mise à profit.

Missions principales et activités
Les principales missions du poste ont pour but de concevoir un socle logiciel pour la visualisation et l’analyse avancée de données -omiques :
◦ implémenter de manière uniforme et web-compatible les approches BRANE Cut (et BRANE Clust),
◦ définir une interface graphique conviviale et intuitive ainsi qu’un rendu interactif de visualisation de réseaux de gènes,
◦ améliorer les performances de calculs actuels (exemple : calcul de matrices de corrélation).

Informations compl´ ementaires
Le candidat recherché devra avoir de très bonnes compétences en programmation informatique (Python, R, Matlab et C++) et développement web (Javascript, html, …). Une facilité de compréhension du langage Java serait un plus.

De bonnes connaissances générales en bionformatique seront également requises. Une compétence, ou a minima une appétence particulière, pour l’analyse de données transcriptomiques serait appréciée.
Une attention particulière sera portée à la capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire.

Le stage d’alternance se déroulera :
∗ sur le site IFPEN de Rueil-Malmaison, (1-4 avenue de Bois-Pr´ eau, 92852, Rueil Malmaison)
∗ sous la tutelle de Aurélie Pirayre et Abir El Feki.

Merci d’envoyer CV et lettre de motivation à : Aurélie Pirayre (aurelie.pirayre@ifpen.fr), Laurent
Duval (laurent.duval@ifpen.fr) et Abir El Feki (abir.el-feki@ifpen.fr).

Plus de détails en temps réels : http://www.laurent-duval.eu/job-2020-internship-web-bioinformatics-multi-omics-data-analysis.html

Pour postuler à ce poste veuillez visiter emploi.ifpen.fr.